Hjernen får ca. 20 millioner sanseinput i sekundet og den reagerer på alle sanseinput den modtager. De bliver sorteret og ud fra nogle af dem, danner den et adfærdsmæssigt eller motorisk output. Vores autonome nervesystem sender input til hjernestammen, der ligger i den bagerste del af hjernen- den ældste del af vores hjerne. I hjernestammen sorteres alle input fra kroppen og sender de relevante input videre til både Amygdala, der er en del af det limbiske system og ligger i midthjernen og til insula cortex. Her vurderes det om det er farligt eller om det er genkendeligt. Det er insula cortex der forbinder hoved og krop, for der er her, der kommer en følelse på sansningen. Det er insula cortex og frontallapperne, der danner den reaktion, vi kommer med. Når vi er stressede over en længere periode, vokser amygdala. Når amygdala aktiveres, får man følelser som raseri, angst og frygt og de følelser aktiverer det autonome nervesystem. Det autonome nervesystem er vores indre scanner, der konstant tjekker omgivelserne og kroppen indvendigt for trusler og det er ikke et system vi selv styrer. I det limbiske system- hvor amygdala er, der ligger hippocampus også og dens opgave er at dæmpe stressreaktionen i netop amygdala, men når amygdala vokser, så skrumper hippocampus. Hippocampus er vigtig for indlæring og for korttidshukommelsen. Hvis hippocampus ikke fungere optimalt, som desværre sker ved stress og andre overbelastninger, så påvirkes hukommelsen og man får svært ved at huske nye informationer. Nogle snakker om amygdala-klappen, der betyder, at når man er stresset, så går amygdala-klappen ned og der er derfor begrænset forbindelse ud til frontallapperne, som er dem der hjælper med at regulere vores følelsesmæssige reaktioner.
Insula cortex, der er nævnt ovenover, arbejder tæt sammen med det limbiske system og med vagus nerven. Insula cortex har stor betydning for vores interoception, altså vores indre sansning. Det er den, der gør vi for eksempel mærker sult, mæthed og smerte og den gør at vi genkender følelser som for eksempel glæde, tryghed, vrede og angst.
Langvarig stress er ikke kun i hjernen, det påvirker hele kroppen. Det er også derfor, man får ondt i kroppen, når man er stresset. Berøring, tryghed, ro, og nærvær giver vores nervesystem ro og når nervesystemet får de succes oplevelser nok gange, vil det begynde at slappe af og sende besked til hjernen om, at der er roligt og man er tryg og kroppen vil begynde at slappe af.